Postup orgánů ochrany přírody při projednávání územně plánovací dokumentace, kde jsou navrhovány stavby, které spadají do okruhu činností zakázaných zákonem č. 114/1992 Sb.

k § 136 zák. č. 50/1976 Sb., o územním plánování a stavebním řádu (stavební zákon), ve znění pozdějších předpisů

k § 43 zák. č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny, ve znění pozdějších předpisů

Při projednávání územně plánovací dokumentace nemůže orgán ochrany přírody jako dotčený orgán státní správy zaujmout souhlasné stanovisko k činnostem, které vyžadují povolení výjimky ve zvláště chráněných územích.
Střet zájmu ochrany přírody s ostatními zájmy je třeba projednat jako rozpor podle zvláštního zákona.Odůvodnění: V současné praxi jsou v územně plánovací dokumentaci (v její závazné části) navrhovány i stavby, k jejichž umístění a povolení je třeba povolení výjimky ze zákazu ve zvláště chráněných územích podle § 43 zák. č. 114/1992 Sb. Vlastní rozhodování o povolení výjimky ze zákazu ve zvláště chráněných územích však nelze přesunout již do fáze projednávání a schvalování územně plánovací dokumentace. V této fázi mají být zájmy ochrany přírody a krajiny hájeny obecnou formou připomínek a námitek dotčeného orgánu státní správy. Bylo by nesystematické, kdyby v průběhu projednání a schvalování územně plánovací dokumentace, jež ze zákona nepodléhá pravidlům správního řízení, bylo vydáváno správní rozhodnutí. Konečné řešení otázky udělení výjimky dle zákona č. 114/1992 Sb. by v opačném případě probíhalo ve stádiu, kdy není k dispozici detailní znalost skutkového stavu. Již v této fázi by byl žadatel nucen zpracovávat podrobnou projektovou dokumentaci. V uvedené otázce je třeba respektovat specifická pravidla založená stavebním zákonem. Otázku zákazů ve zvláště chráněných územích a s tím související nutnost povolení výjimky lze v tomto procesu řešit v rámci odstraňování rozporů v územně plánovací dokumentaci (§ 136 stavebního zákona). Zájem ochrany přírody je zde ochráněn tím, že orgán ochrany přírody jako dotčený orgán státní správy zásadně nemůže zaujmout souhlasné stanovisko k činnostem, které vyžadují povolení výjimky ve zvláště chráněných územích, aby tak nezakládal případné pozitivní očekávání, že výjimka ze zákazu ve zvláště chráněných územích bude povolena. Uvedení stavby v závazné části územně plánovací dokumentace nelze automaticky pojímat jako úkon, který a priori předjímá povolení nezbytné výjimky dle zákona č. 114/1992 Sb. č. 3/2005 Odstraňování náletových dřevin z hrází v případě, kdy tím může dojít ke škodlivému zásahu do přirozeného vývoje zvláště chráněného druhu živočichak § 59 odst. 1 písm. j) zák. č. 254/2001 Sb., o vodách a o změně některých zákonů (vodní zákon), ve znění pozdějších předpisůk § 7-9 zák. č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny, ve znění pozdějších předpisů Vylučuje-li § 59 odst. 1 písm. j) zákona č. 254/2001 Sb., o vodách a o změně některých zákonů (vodní zákon), ve znění pozdějších předpisů, použití zákona č. 114/1992 Sb., jde pouze o vyloučení ve vztahu k obecné ochraně dřevin. Vyloučení se nevztahuje na ochranu živočichů, územní ochranu a specifickou ochranu dle předpisů Evropské unie.

Odůvodnění:
Podle § 59 odst. 1 písm. j) zákona č. 254/2001 Sb., o vodách a o změně některých zákonů (vodní zákon), ve znění pozdějších předpisů, je vlastník vodního díla povinen odstraňovat náletové dřeviny z hrází sloužících k ochraně před povodněmi, ke vzdouvání vody nebo k akumulaci vody; na tyto povinnosti se nevztahuje zákon č. 114/1992 Sb. s výjimkou
případů, kdy se jedná o památné stromy nebo zvláště chráněné druhy rostlin. Před jejich odstraněním, není-li nebezpečí z prodlení, je vlastník vodního díla povinen oznámit svůj záměr orgánu ochrany přírody. Citované ustanovení vodního zákona vylučuje použití zákona č. 114/1992 Sb. (nejde-li o památné stromy či zvláště chráněné druhy rostlin) co se týče zásahu do přirozeného vývoje rostlin. Z výjimek definovaných v ustanovení § 59 odst. 1 písm. j) vodního zákona je zřejmé, že zákonodárce hodlal dle logicky systematického výkladu tohoto ustanovení vyloučit použití zákona o ochraně přírody a krajiny pouze ve vztahu k jeho ustanovením §§ 7 až 9, která slouží k obecné ochraně dřevin. Zvláštní režim podle vodního zákona se tedy uplatňuje pouze ve vztahu k právní úpravě obecné ochrany dřevin (resp. dřevin neplnících funkci biotopu, stanoviště, hnízdiště, rezervoáru apod.); vyloučena však není aplikace pravidel zákona o ochraně přírody a krajiny pro další sféry ochrany přírody – tedy ochranu živočichů, územní ochranu a ochranu dle právních předpisů Evropské unie. Jiným výkladem ustanovení § 56 odst. 1 písm. j) vodního zákona by byl založen rozpor se závazky vyplývajícími z tzv. směrnice o ptácích (směrnice Rady č. 79/409/EHS) a směrnice o stanovištích (směrnice Rady č. 92/43/EHS).