Hygienici dohlíží na kvalitu vody rybníku Vajgar v Jindřichově Hradci, rybníku Svět v Třeboni, rybníku Hejtman, který se rozkládá mezi obcemi Chlum u Třeboně a Staňkov, a Staňkovského rybníku.
Dále monitorují vodu na třech místech přehrady Lipno, a to na pláži v Černé v Pošumaví, Horní Plané a Lipně nad Vltavou, a také u veřejných tábořišť Podolsko a Vojníkov a u kempu Radava na vodní nádrži Orlík. Hygienici provádějí kontroly vody pravidelně jednou za dva týdny. Výsledky jsou zveřejněny na internetové stránce www.khscb.cz.